Гуанідин тіоціанат використовується як біомедицина, хімічні реагенти тощо.Його можна використовувати як хаотропний агент і денатурант для денатурації та розщеплення клітин, вилучення РНК і ДНК, а також як адсорбент DSSC для підвищення швидкості перетворення DSSC.